A Escola Básica do Bom João foi construída em 1970, é de tipologia “Plano dos Centenários”. Situada no Bairro do Bom João, foi sujeita a obras de remodelação e ampliação durante o ano letivo
2005/06, localizando-se numa zona essencial- mente habitacional.
Tendo sido outrora considerada uma escola de bairro tornou-se ao longo do tempo uma escola de referência da cidade.
No ano de 2019 foi construído um edifício com três salas para a educação pré-escolar, que veio colmatar uma necessidade já identificada pelo Agrupamento.
A criação da educação pré-escolar veio trazer continuidade pedagógica e um trabalho de articulação entre ciclos, num ambiente escolar familiar e de proximidade. Para a concretização deste projeto, foi fundamental o apoio e colaboração da Câmara Municipal de Faro, que desde logo se empenhou na sua construção e funcionamento.