É uma escola muito procurada pelo reconhecimento social face ao rigor, exigência, resultados escolares e valores transmitidos aos alunos.
A Escola Básica 2,3 Dr. Joaquim Rosa Peixoto Magalhães, implantada na Urbanização do Ferragial, muito perto do centro da cidade, inicialmente designada por Escola C+S Faro n.º 2, entrou em funcionamento no ano letivo 1987/88. O atual nome da escola surgiu em homenagem ao emérito professor Dr. Joaquim Magalhães, que se tornou num dos poucos patronos vivos das escolas portuguesas. Era presença assídua na escola e, como reconhecimento pelo seu serviço educativo, sempre em prol da escola e dos alunos, foi criada uma sala, no bloco principal, com o seu nome, onde se encontra uma pequena parte do seu espólio pessoal. A escola Dr. Joaquim Magalhães foi, na região, um marco inicial na distinção do desempenho académico e pessoal dos alunos com a cerimónia anual da entrega dos Prémios de Mérito Dr. Joaquim Magalhães, envolvendo toda a comunidade educativa e entidades locais. O patrono continua a ser relembrado anualmente no dia do seu aniversário, 3 de maio, com a celebração da Corrida de Orientação, pela cidade, que envolve toda a comunidade escolar e que fomenta uma marcante noção de identidade de escola, proporcionando uma cultura de respeito, proximidade e afeto entre os seus elementos. O edifício tem vindo a sofrer obras de remodelação e modernização no decurso dos últimos anos no sentido de potenciar a qualidade do serviço educativo prestado e garantir salas de aula para o elevado número de alunos que a frequentam. A escola é servida por um grande espaço ao ar livre, onde os alunos podem conviver, fazer exercício físico e ter aulas no exterior, em espaços destinados para o efeito.